西欧的近代化始于哲学的近代化，而现代的欧美人又认为，西欧近代哲学又是被两个天才人物所开启，一位是法国的笛卡尔，另一位则是英国的培根。
笛卡尔是“大陆理性主义”的“创始人”，而培根则是“英国经验主义”的“创始人”。“大陆理性主义”和“英国经验主义”则是近代西方哲学的两大对立性的流派。后来康德的“自律道德”说，以及再后来唯物的科学的出现，都是对这两大流派的调和和融合。因此，理解笛卡尔和培根学术的本质，不仅对正确理解整个西方近代哲学非常关键，也对正确理解当下正在被中国所崇拜和信仰的科学非常关键。
“我思故我在”是笛卡尔的名言，即便是在中国，也几乎是家喻户晓，这句话的确也包含着笛卡尔的核心思想。但是，也真正理解这句话就不能很容易了，不仅对中国人，对西方人亦然。倒不是说这句话有多么深奥，其实一点也不深奥，而是在于大家对笛卡尔说这句话的具体历史背景不太了解。
我先解释一下这句话真正含义，而后再说一下历史背景。
“我思故我在”的关键并不在于鼓励大家去思考，而只是说，人本身本来就具备思考的能力，人就是一个思考主体。因为我具备思考能力，因为我是思考的主体，因此我存在。也就是说，笛卡尔认为人的本质在思考，或者思考能力，这种思考能力是生而有之的、天然自然的。
思考就是判断和选择，既然人是一个思考主体，那么思考主体之外的一切，也就成为其思考的对象。因此，这句话也包含着怀疑一切的意思。怀疑一切就是思考一切，将一切都当做自己的思考对象。但是唯一不可怀疑的，唯一确定是，自己是一个思考主体，自己的思考本身是确定的、真实的。
因此，笛卡尔实际上完成了对人的重新定义，人就是一个完全独立和自由的思考主体。这对基督教对人的定义，无疑是革命性的“进步”和“创新”。在基督教中，人不是一个思考主体，而是一个信仰主体，人因为信上帝而存在。
那么具体发出思考功能的职能器官是什么？是“理性”。“理性”就是人进行思考的器官，思考就是理性的功能。当然，这个器官是逻辑上，功能上，虚拟的。
人的理性所思考的结果就是真理，或者说，真理就是由理性所发出的。而且，笛卡尔认为，真理是先验地完整地存在于理性之中。因此，人要想获得真理，只需进行思考、冥思就行了，而无需任何的实践经验。
注意，但凡了解中国儒家学说，了解宋明理学，就可以看出，笛卡尔的所谓的思想创新，与中国的儒家观点，与宋明理学，尤其是阳明心学非常相似。
自文明伊始以来，中国的儒家就认为人是一个思考主体，而人进行思考的器官则是“心”。当然这个心也是逻辑上的、功能上的、虚拟的。道义、道理、义理这些都是由人心所发出，是人心思考的结果。宋明理学干脆概括为“心即理”、“性即理”。
对中国而言，这样观点是自古就有的，但是，对西欧而言，却是不啻于开天辟地般的伟大创新！笛卡尔的“理性”显然是对中国“心”的模仿，这是这种模仿而远远不到位而已。
尽管中国认为“心”是一个思考主体，道义、道理也都是人心思考的结果，由人心所发出。但是，却不认为这些道理是先验地、完好地存在于人心之中，然后仅仅需要通过冥思就可以获得。而是认为，要获取知识，必须经过实践经验。这就是《大学》所说的“格物、致知”，也是王阳明所说的“知行合一”的“行”。“格物”、“行”就是指做事、实践。
因此，尽管笛卡尔已经意识到人的本质在思考，“理性”就是作为思考主体的人心。但是，笛卡尔对人心的认知却是机械的，非常类似于一个写好程序，存满知识的电脑芯片。因此，我把笛卡尔的“理性”，称之为“芯片心”。
如果放到中国文化的谱系中，在历史的任何时期，笛卡尔都是压根不入流的。一个在中国历史中不入流的人，在西欧的近代史中成为开天辟地式的近代西方学问的“创始人”，不仅彰显中西方在学术上的巨大落差，而且也意味着，笛卡尔的思想源头在中国。
说笛卡尔的思想源头在中国，只要对中西历史，对中国的儒家思想有个稍微深入地了解，就能明确产生如此的判断，几乎不需要当时中西之间具体的文化交流的具体证据。
事实上，这样的直接证据还是很多的。在1940年，朱谦之就写了一本书《中国哲学对欧洲的影响》，非常系统地列举了中国儒家典籍和学说西传的直接证据，认为西方近代哲学是在中国儒家思想的影响之下而产生的。
最近几年，一个质疑西方历史的“西方伪史论”的思潮在民间兴起。其中英籍华裔学者诸玄识，所辨伪的矛头就是指向西方近代史。他同样认为，西方近代哲学是中国儒家思想西传的产物，在朱谦之的基础上，补充了更详细的证据，包括语言的证据。
笛卡尔主义在西欧的出现，其基本的历史背景是，西欧与中国之间发生了第一次规模的直接交流，其交流的主要中介就是大批来华传教的天主教的耶稣会士。笛卡尔所就读的中学，就是由耶稣会士所办，位于当时与东方联系最前沿的荷兰。显然，在笛卡尔的青少年时代，就已经通过耶稣会士受到了中国文化的熏陶。
对于明清之际的西欧传教士所带来的中西文明交流，一直以来被主流的学术观点所低估甚至忽视。事实上，这次文明交流不仅西欧带来革命性影响，让革命的近代哲学得以出现，而且也影响了中国。明末清初的儒家也被传教士所带来的西欧的文化理念所影响。黄宗羲、王船山等人的“宪政”思想，就是这种影响的结果。更为重要的是，也正是西欧理念的影响下，清初的大儒开始对清谈式的宋明理学不满，而转向以“实学”为宗旨的考据学。
关于西欧思想对明清之际中国的影响，南京大学的许苏民教授做了许多开创性的研究，有兴趣的可以参考。