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在植物分类学上，咖啡是茜草科家族的咖啡属（Genus Coffea），底下有至少一百个咖啡品种。
比较常见的咖啡有阿拉比卡（Arabica，风味优雅，是精品咖啡主力）和罗巴斯塔（Robusta，或称粗壮豆，风味粗糙，咖啡因含量高，不属精品咖啡）两大种类。
除此两大种类之外，还有两小种类，分别是Liberica（树体高大，主要生长在马来西亚和非洲西部）和Excelsa；但这两小种类在市场上非常少见（连正式的中文译名都没查到）。
阿拉比卡还有许多亚种，皆是由埃塞俄比亚最古老的铁比卡（Typica）和也门的波旁（Bourbon）移植中南美洲或亚洲后变种衍生而来；品种繁多，不胜枚举。但精品咖啡主要指用心栽培的高海拔阿拉比卡，种类就不算太多。大致分类列举如下。
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古老原生种：
铁比卡（Typica）：埃塞俄比亚最古老的原生品种，所有阿拉比卡皆衍生自铁比卡。铁比卡顶叶为古铜色，豆体呈椭圆形或瘦尖形；风味优雅，但体质较弱，抗病力差，产果量少。牙买加蓝山、苏门答腊曼特宁、夏威夷可娜等优秀的庄园豆都属于铁比卡。
波旁（Bourbon）：早期（咖啡史前）铁比卡移植到也门后的变种，豆形从瘦尖变成圆身。1715年，法国移植也门摩卡的圆身豆到非洲东岸的波旁岛（法国大革命后改称留尼旺岛Reunion）后才起名波旁。波旁圆身豆1727年辗转传到巴西和中南美洲、1732年英国移植也门摩卡到圣海伦娜岛（后来囚禁拿破仑的地方）也是波旁圆身豆。波旁是美洲精品咖啡杯测的常胜军。
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铁比卡顶叶为古铜色是特征之一
基因突变种
尖身波旁（Bourbon Pointu）：1810年在波旁岛发现，豆体从圆身变为尖身，咖啡因含量只有一半；但量少体弱，极为珍贵（多在实验室培育）。
象豆（Maragogype，或Elephant Bean）：铁比卡最知名的变种豆，1870年最先在巴西东北部Bahia州的Maragogype产豆区发现，豆体比一般阿拉比卡至少大三倍，因而得名。象豆在低海拔区风味差，但高海拔风味较佳、酸味温和、甜香宜人。
艺妓（瑰夏Geisha）：属铁比卡家族的衍生品种，1931年从埃塞俄比亚南部Geisha山（Geisha与日文“艺妓”同音）输出，经过很多国家都默默无闻，1960年代移植巴拿马，到2005才开始在杯测赛中频频胜出。
肯尼亚“SL28”和“SL34”：二十世纪初法国、英国传教士和研究人员在肯尼亚筛选、培育出来的波旁嫡系，百年来已适应肯尼亚的高浓度磷酸土壤，孕育出肯尼亚特色的酸香精灵；顶级肯尼亚咖啡都是出自这两个品种，但移植其它地方却即走味。
黄波旁（Bourbon Amarello，或Yellow Bourbon）：巴西圣保罗州特有的波旁变种，成熟后咖啡果子不会变红，呈橙黄色。后来发现当地其它波旁衍生品种也有果皮变黄的。
卡杜拉（Caturra）：波旁的单一基因变种，1950年代在巴西发现。长能与抗病力比波旁佳，且不需遮阴树；风味与波旁不相上下或稍差。
帕卡斯（Pacas）：在萨尔瓦多发现的波旁变种，1935年萨尔瓦多咖啡农帕卡斯移植名种波旁，到1956年发现结果量高于其它同种咖啡树，请专家鉴定后确定发生了基因突变。
Villa Sarchi：1960年代最先在哥斯达黎加发现的波旁变种，近年常出现在杯测优秀榜内。
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从左到右：肯尼亚圆豆，象豆，肯尼亚AA
阿拉比卡种内杂交（Intraspecific Hybrid）
新世界（Mundo Novo）：波旁与苏门答腊铁比卡自然杂交的品种，最早在巴西发现。产量高，耐病虫害，1950年代在巴西大量种植，被誉为巴西咖啡业的新希望；但树较高，不易采收。
卡杜艾（Catuai）：新世界与卡杜拉的混血品种；树矮，抗风，但风味较单调。
帕卡玛拉（Pacamara）：帕卡斯（Pacas）与象豆（Maragogype）的杂交品种，豆体硕大仅次于象豆，是萨尔瓦多1950年代配出的优良品种，近年杯测成绩不错。
肯特（Kent）：印度发现的铁比卡混血品种，产量高，抗病力强，但未曾在杯测取得好成绩。
阿拉比卡与粗壮豆杂交（Interspecific Hybrid）
提摩（Timor）：在东帝汶发现的自然混血品种，染色体44条，较接近阿拉比卡；但风味平淡无奇。
卡提摩（Catimor）：1959年，葡萄牙人将巴西卡杜拉与提摩混血，培育出抗病力强的卡提摩。但风味也较差，目前是商用豆的重要品种。
伊卡图（Icatu）：巴西多代杂交改良的品种，曾进过巴西“超凡一杯”前十名。
鲁依鲁11（Ruiru 11）：1985年肯尼亚研究出来的重产量不重质量的混血品种。
阿拉比卡和粗壮豆杂交的品种，到目前为止还没有能算是精品咖啡的；所以在很多专做精品咖啡新鲜烘焙的供应商，如fresh等都没有这些种类。然而，很多即使是进口名品咖啡供应商，却有些把这种杂交豆混入拼配豆（Blend）之中，以降低成本。
另外，从上述基因突变种（不论是自然还是科研产物），其风味都与特定的地域条件有很大的关系。即使在同一个国家，不同的庄园出产的咖啡豆也可能相差深远。例如：牙买加国宝级的Wallenford庄园蓝山，就比牙买加特级高山蓝山贵一倍以上。（图文源于网络）
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